In der Nacht vom 13. auf den 14. April 1945 besetzte die Rote Armee, von Klosterneuburg über die Donau kommend, die Stadt Korneuburg und somit auch die Schiffswerft. Die SS wollte bei ihrem Abzug die Werftanlagen sprengen. Dies konnte durch den Werkschutz unter Lebensgefahr verhindert werden.

Unmittelbar nach der Werftbesetzung bauten die Sowjets 75% der Werftanlagen ab. 1946 wurde die Schiffswerft den USIA-Betrieben zugeordnet, wodurch ein Werftbetrieb unter sowjetischer Flagge möglich war. Viele Schiffseinheiten auf der Donau waren gesunken oder versenkt worden. Nach dem Heben einiger Schiffseinheiten und Verbringung in die Werft konnten sie wieder instandgesetzt und für die UdSSR in Verkehr gebracht werden. Der erste Neubau in der Schiffswerft Korneuburg nach dem 2. Weltkrieg war 1949 der Bau der beim Abzug der SS gesprengten Rollfähre Klosterneuburg – Korneuburg nach den Plänen der ersten Fähre von 1935. Diesem folgten unter anderem bis zum Staatsvertag 1955 viele sogenannte Seeleichter, die man in Dreierschichten fertigte. Die Werft zählte in dieser Zeit bis zu 1.500 Mitarbeiter*innen.